1、接觸過程要保證充分
臭氧雖然具有很強的滅菌效果，但它的穿透性還不是十分強烈，所以充分接觸是臭氧滅菌的首要條件。如果沒有一種很好的設備能保障粉料和臭氧充分接觸(混合)，就不能保證臭氧滅菌的均勻性，甚至會出現滅菌死角，難以保證粉料的滅菌效果。
2、保持適當的濃度
臭氧的氧化性使之具有較強的滅菌效果，但事物具有兩面性，強氧化性又會對易于氧化的物品有破壞，有些粉料含有易氧化的成分，如蒽醌類、熊果酸等，如果濃度太高就會對他們破壞嚴重；但因為粉料的微生物含量一般都比較高，如此高的微生物含量用一般的臭氧發生器濃度是奈何不了的。所以既能有效滅菌又不嚴重破壞有效成分，就必然對臭氧發生器濃度的選用提升到了非常高的要求。
3、時間要適宜
臭氧發生器滅菌是一個化學過程，它需要一定的反應時間，理論上講在濃度適當的前提下，延長滅菌時間有助于提高臭氧效率；但臭氧發生器滅菌的同時也是和易氧化成分發生氧化反應的過程，臭氧和粉料的接觸時間越短，對粉料的化學成分破壞越小，這就對滅菌時間控制提出了較高的要求。只有結合適當的濃度，經過多次的實驗來確定合理的滅菌時間，否則會對粉料的化學成分有較大的破壞，影響藥品的療效。
4、臭氧純度要保證
由于臭氧發生器制備技術和氣源處理技術原因，傳統的臭氧發生器會產生部分有毒的氮氧化物，氮氧化物會和粉料中的某些化學成分反應，形成亞硝酸鹽、硝酸鹽等有害物質。所以用于粉料滅菌的臭氧發生器要嚴肅對待，氣源要進行嚴格的處理。
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